新疆畜牧科学院畜牧研究所始建于1959年，系国家财政拨款全额事业单位。分为绒毛用羊研究室、肉牛研究室、动物遗传资源研究室、奶牛研究室、肉羊研究室、马属动物研究室、动物繁殖研究室、家禽研究室、生猪研究室、畜产品加工研究室、特种经济动物研究室、规划咨询服务室等12个专业部门。有自治区重点实验室、绒毛用羊遗传育种与繁殖实验室、自治区工程中心、新疆肉牛工程技术研究中心、农业部农产品加工研究中心羊肉加工分中心、中国农科院北京畜牧兽医研究所新疆研发中心、中国农科院农产品加工研究所新疆研发中心等多个实验平台。以及新疆科创畜牧繁育中心和新疆科盛种猪繁育2个试验基地。